BitLocker в твоём случае вполне зашибись, он работает в фоне и не мешает 1С, при этом диск шифруется. Главное — ключи хранить отдельно, чтобы не смогли сбросить пароль просто так. Но, конечно, это не панацея от всех проблем, просто хороший уровень защиты от случайных или неподготовленных людей.