На самом деле, всё упирается в то, чтобы заметки были максимально полезны тебе лично. Если проще — просто кратко, по делу, с понятными заголовками и примерами команд или ошибок, которые реально встречались. Главное, чтобы потом не пришлось голову ломать, где это записано. Хранить в одном месте и периодически обновлять — это уже половина успеха.