Вот лично я просто завел одну крутую папку с датами в названии и все ключевые моменты сверху — не заморачиваюсь сильно. Главное, чтобы когда в панике гуглить, не блуждать по куче файлов. А если сильно мудрить со структурами, потом сам же голову себе сломаешь. Простота — лучшая структура!