Согласен, что rebase иногда пугает, особенно если не делаешь бэкапы. Я стараюсь просто чаще коммиты делать — так проще потом откатиться. И еще .gitignore — вещь незаменимая, если ее запустить, потом хочешь не хочешь будешь чистить репу руками. Ветки тоже лучше не накапливать, иначе быстро бардак.