Мне помогло разбивать код на логические куски и сразу запускать нужные участки с дебаггером, чтобы видеть, что реально происходит. Ещё стараюсь не прыгать сразу во всё, а постепенно идти от главной точки входа и смотреть на вызовы функций. Комменты самому писать тоже нормально — так проще запомнить, что к чему.