поменяй хеши всех файлов

одмин задолбается каждый раз менять все файлы и отключит своё скрипто

проверенный способ

другой распространенный вариант когда "проверяют" и меняют каким-либо ПО контроля версий

то есть на сервере самом ничего нет, подключается по фтп клиент и проверяет

в таком случаи надо найти файлы-настройки этого ПО и в них добавить исключение

если настроек никаких нет, то можно добавлять в корень файлы всех известных подобных программ

те, которые не будут удалены при очередной проверке - это файлы от нужного ПО