Скопируй файл ntldr и другие системные из корня одного раздела на другой. У меня была такая фича. залезь в панель управления - администрирование - управление компьютером - управление жесткими дисками. Глянь какой раздел обозначен как системный, а какой загрузочным. В твоем случае скорее всего один раздел загрузочный, а второй система - поставь и загрузку и систему на один (системный) раздел.