Я лично с этим враппером только работал. По коду я сделал бы так. Сначала рекурсивно спарсил всю директорию с папками и подпапками, записал их в список и потом спокойно по отдельности все это запихивал в архив.

GitHub - ctabin/libzippp: C++ wrapper for libzip

C++ wrapper for libzip. Contribute to ctabin/libzippp development by creating an account on GitHub.

github.com