1)При отправке окну сообщений оно скорее всего всё равно будет разворачивоться. (Есть решение - после отправки сообщений контролам, также программно сворачивать и главное окно. Не пробовал, но должно сработать).

2)Работа бота никак не затрагивает "физическую" мышку, даже курсор никуда не перемещается.