И тем не менее это именно Md5 (apr).

Я закодировал слово password htpasswd.exe три раза, и получил три разных результата
$apr1$Vj2.....$/sWmpHNn9lpB2dhkad.tF.
$apr1$Yl2.....$Ax0a8KgGa2XcmY0b/hl/50
$apr1$qm2.....$n3uzenSDdLkiLOlL0RcrM1
Все они расшифровываются PaswordsPro

А Passwordspro кодирует это слово как
$apr1$$qjtLUZpoiD4RwXIYf4qVb0


Всё ок. Кроме того и там и там в хэшах присутствует apr - это явно указывает на Md5 (apr).