возможен и более сложный случай - тебе могли залить руткит или протрояненный модуль, например ssh. в этом случае проще всего переустановка системы с нуля - как с виндой причем не той же системы, что была, а с обновленным ядром и прочим софтом - залезть к тебе могли через дыру в каком нить софте или самом ядре.
[хотя это все лишь реальная возможность, в твоем случае все может быть все проще]