Это может случиться даже не по причине использования тобой средств шифрования в каких-то твоих целях. Твой провайдер может элементарно "резать" пиринговый torrent-траффик (что делают провайдеры, которые по личным причинам не хотят расширять магистральную полосу для пользователей, денег жалко и работать не хочется), а поскольку единственным средством защиты от "резака" на уровне аппаратного обеспечения провайдера является шифрования канала до удаленного узла, система безопасности твоего провайдера может воспринимать наличие зашифрованного соединения как попытку обойти их систему безопасности. Провайдер "хочет" читать твой траффик и смотреть, используешь ли ты пириновые клиенты, и если это так - ограничивать их скорость. Пока что большинство ISP успешно обходится включением опции шифрования траффика в торрент-клиетах и установкой порта 80, но это ненадолго. Почитайте книгу Федотова, там даже есть специальная глава "Зашифрованный траффик", большинство вопросов отпадет сама собой.