Если бы на Linux было бы нормальное управление аудио устройствами, то ищем нормальный аудиоредактор, с возможностью мониторинга звука с микрофона, направляем его на устройство, работающее как вход в скайп, и вешаем на микрофонную дорожку в аудиоредакторе обычный питч (Pitch).

А на Windows есть Voice Changer Diamond.