Нефига у вас так не получится.
Курсор он и в африке курсор. И даже если ты 100 мышке подрубишь, всё равно они будут управлять одним единственным курсором.
Как я понял необходимо сделать чтото типа эмуляция работы пользователя в проге.
Тут всё зависит от того как прога устроена и каким образом она работает с мышей.
Если прога тупо ловит сообщения WM_MOUSEMOVE то можно просто напросто постоянно её окну посылать эти сообщения с указанием координат.
Если же прога определяет всё по коорднатам мыши, то тут врядли.

Хотя есть одно универсальное решение:
1) ищеш статейку о том как сделать из Win XP многопользовательский терминал сервер.
2) затем запускаешь вторую сессию (под другим юзверем можно) и там запускаешь прогу свою и эмулятор движения мышки.
3) переключаешься на свою сессию.

В этоге прога с эмулятором будут сами по себе, а ты сам по себе.
По тому что каждая сессия графическая имеет собственный курсор. итд итп