1) Вообще можно PE файл внедрить в любой другой файл, но нечи о запуске идти не может.
2) В винде есть хитрые вещи связанные с путаницей расширений. А именно:
- если проге поставить расширение .txt или любое другое, то через WinExec она запустится запросто
- если EXE PE расширение сменить на .bat или .com то при запуске такого файла он запустится нормально
3) переполнение буферов в прогах обработки форматов. А именно:
- древняя бага в jpeg (залатана в SP 1 и выше)
- древнии баги в wmf/emf (залатаны в SP 2)
- куча багов в swf
- куча багов в pdf (для Acrobat'a)
- баги в отдельных браузерах (в частности html файлы)
и так далее, для каждого софта в отдельности