ошибка в первом варианте автора - в href была прописана ссылка. javascript, который onclick останавливает работу браузера, пока не закончится confirm. Когда жмешь даже отмету, браузера продолжает работу. В продолжении темы автор поправил это, написав href="javascript:void(0);"
чтобы изменить заголовок окна итп достаточно написать скрипт, который поставить див с абсолютным позиционированием, зальет его полупрозрачным, допустим, пнг-шником и в нем уже нарисует еще один див, в виде окна. Тогда хоть заголовок, хоть дизайн окна меняй =)