А о какой шине вообще разговор? Скорость передачи данных с винта (если он, конечно, не твердотельный) ограничена сверху скоростью съема данных с блинов. На тех же SATA около 70 мегабайт в секунду, на IDE около 50. Хоть убейся - больше не получишь. На записи может быть чуток получше, за счет кеширования - но это скорее исключение, чем правило.
Выбрать размер кластера можно и нужно, хотя бы потому, что среднее - не всегда самое лучшее. Почти уверен, что винт будет использоваться с крупными файлами. БОльший размер кластера будет экономнее.
Файловую систему я бы выбрал NTFS, а не новинку exFAT хотя бы потому, что последняя еще не обкатана. Кто знает, какие глюки будут. В принципе с ext4 в линуксе то же самое.