Размер кластера

1.(маленький размер) <---------(тут количество файлов)--------->2. (большой размер)


В зависимости от предполагаемого количества и выбирай оптималку
НТФС относительно медленная система (ну и почти самая надежная из win), поэтому на скорость особо это влиять не будет...

Но я бы посоветовал exFat если основная система виндовс
Подробнее про exFat тут: http://ru.wikipedia.org/wiki/ExFAT
Преимущества очевидны