Размер кластера, по большей части, влияет на объем памяти, выделяемый под мелкие файлы. Т.е. объем будет выравниваться в бОльшую сторону - допустим, файл, размером в 1 байт будет занимать на диске ровно 1 кластер. Контроллер винта все равно читает дорожками, так что ему будет по барабану, какой там размер кластера в ОС. Быстродействие винта больше зависит от его кеша, чем от настроек ОС.