1. вспоминаем что у нас есть в автозагрузке, например там есть некий prog.exe и переименовуем в _prog.exe
2. пишем тулзу инсталятор с именем prog.exe которая будет выполянять нужные манипуляции (правка реестра, запуск других приложений с параметрами и тд.) а перед кончиной удаляется и переименовывает обратно и запускаяет оригинальный _prog.exe

3. делаем boot флеш с поддержкой ntfs
4. пишем сценарий который положит на хард нужные данные и нашу тулзу инсталер а после всего делает ребут

ну... както так в общем.

зы: манипуляции с тулзой - инсталером можно перенести в сценарий из п.4