Ridikh на php - http://php.net/opendir, http://php.net/readdir. Получаете список всех файлов, сравниваете со списком хороших - остальные удаляете.

В дальнейшем удаляете по человечески, не только из базы, но и с диска

__________________
Любая действущая программа устарела.
Создайте систему, которой сможет пользоваться даже дурак ,и только дурак захочет ею пользоваться.
Как правильно задавать вопросы: _http://www.yakimchuk.ru/questions.htm