у меня ничего не преобразутся, тестил и %00 в середине имени файла, и в конце имени, и с magic_quotes=ON, и OFF - результат всегда один - как назвал, так и заливается, без изменений, ось Linux

Для загрузки использовался код автора темы

PS: Автор, выложи свой phpinfo

Скорее всего никак, если в коде нет последующей "неаккуратной" обработки имени файла после загрузки, которое иногда встречается, например, когда проверяют, картинка ли файл