Вопрос плохо сформулирован: имеется в виду защита от SQL-инъекций или разграничение прав доступа пользователей базы данных?
Если первое, то в общих словах фильтровать входящие данные, можно также пустить все запросы через GreenSQL.
Если второе, то переместить таблицу с паролями в базу данных, доступной только для привилегированного пользователя.

__________________
<? Raz0r.name — блог о web-безопасности