Есть несколько варианов организации модульной структуры сайта.

Вопрос 1: разные папки для модулей и разные таблицы в БД
Вопрос 2: упор на легкую установку или использование

По возможности приводите свои примеры,....

PS: все обрабытываетс через одну точку доступа