Структура движка приблизительно такова

index.php - Запуск главного класса из main.php

• include.php - Подключение всех файлов
• config.php - Конфигурация всех параметров
• database.php - установка соединения с БД и подгрузка функций для БД
• login.php - авторизация пользователя
• skin.php - Управление скинами и передача управления нужному модулю
  • skin1.php - Загрузка скина 1
  • skin2.php - Загрузка скина 2
• sсript.php - Управление <CSS, JS, VBS, etc> скриптами и передача управления нужному скрипту
  • script2.php - Загрузка скрипта 1
  • script2.php - Загрузка скрипта 2
• main.php - Обработка всех URL'ов и перемещений по сайту
• • module1.php - по определённому URL передача обработки модулю 1
  • module2.php - по определённому URL передача обработки модулю 2
• templates.php - Управление шаблонами и заполнение их данными
  • template1.html - Загрузка шаблона 1
  • template2.html - Загрузка шаблона 2

+ Обработка исключений и ошибок
+ Проверка прав пользователя

Для создания подгрузки скинов. Достаточно сделать :

• В таблице пользователя добавить поле для скина
• Шаблон под разные изображения
• В зависимости от скина - подгружать нужный CSS

И потом когда пользователь заходит на страницу :

1. Подгружашь параметры скина из БД
2. Сопоставляешь названию из БД, нужную папку/файл скина
3. Загружаешь картинки для скина
4. Загружаешь CSS скина

При регистрации юзера стандартно можно ставить скин default.
Для смены скина, запросом меняешь defualt на любой другой

P.S. Структура сугубо абстрактная и расширенная.
Для мелких проектов можно всё не делать/использовать.
Для больших проектов: чем больше всё классифицированно - тем больше маштабируемость всей конструкции и проще в отладке