PE-файл - можно сказать является тоже текстовым файлов, в котором все расположено по определенным смещениям и который парсит PE-загрузщик Windows, затем исполняет, была встречал пару статей по созданию руками PE-файла, в упаковщиках в последний раз 1 ссылка на статью есть