fasm, компилил и под 32 и под 64бит, с никсами и вообще at&t синтаксисом сам не сталкивался, но на оффсайте пишут что там в составе какие-то либы по сабжу есть. собственно вот:

http://flatassembler.net/
Here you can download the flat assembler - the open source assembly language compiler for x86 and x86-64 processors (this includes the AMD64 and Intel EM64T architectures). Packages for DOS, Windows, Linux and Unix with C library are available.