мое имхо это лучше ext3, как я понял у вас будет загрузочная флешка, с которой будет грузится ваша ось, наибольшее количество операций это чтение данных, при чтении ext2 и ext3 показатели практически одинаковые т.к. не используется журнал, а на запись я так думаю будет отводится не много (да и там потеря производительности наименьшая). ну и надежность ext3 выше чем у ext2 что не может не радовать

upd вроди не тот раздел еще...