Ну почему же. Я видел не мало MDI проектов, в которых главное окно являлось неким бэкграундом. И его закрыть действительно можно было, но после этого оставалась панель WindowToolsPanel. Которая являлось собственным элементом управления.

2ой случай более интересный и он продемонстрирован в браузере GoogleChrome, где можно перенести вкладку на свободное пространство. При этом откроется новое окно, а прошлое можно закрыть. Дизайн сделан на твердую 5чку у них) И тут естественно используется их же элемент управления.


В этих и некоторых других случаях это показывает не неправильный дизайн, а профессиональное управление потоками приложения. Ведь все мы знакомы с ситуацией, когда мы открываем окно настроек приложения и переключится обратно к приложению мы не можем пока не закроем окно настроек. Не задумывались почему?

3ий случай довольно тоже интересный. Программа установки SQL Server 2008 открывает сначала консоль, выполняет некоторые операции и открывает окно настроек установки, далее (во время установки) открывается новое окно, с ProgressBar'ом и statuslabel'ом состояния установки. Прошло как вы говорите главное окно, можно при этом закрыть. При этом дизайн сделать просто отлично.

В случае с ТС, советую создать иконку. И скрывать "главное окно". При выборе соответствующей опции - открыть.