Есть аж три варианта как это делается:
1)Анонимная прокси может передавать специальные поля, указывающие на то, что клиент пришел через прокси (поэтому нужно пользоваться прокси, скрывающими это)

2)Сервер может вести списки проксей и не пускать юзеров с ихними адресами.

3)На сервере может быть установлен скрипт, определяющий, является ли проксей хост, с которого пришел юзер (это можно обойти, используя специальные прокси, у которых IP самой прокси не совпадает с IP пакетов, выходящих с прокси сервера)