Можно проще поступить:
Выставляешь в биосе загрузку с того винта, на котором рабочая система на данный момент, и только с него, чтобы по порядку на второй винт не ушол биос в поисках загрузчика.
Приобуешь запустится, если биос матерится что не с чего грузится, проводишь следующие махинации:
Береш диск с полноценной копией XP или какую ты систему себе ставиш.
В биосе ставиш первую загрузку с сидюка, все остально на винт с системой.
Грузишся с диска, форматируеш свой неформатируемый винт и запускаеш установку на него(точнее только копирование файлов). Дожидаешся первой перезагрузки, убираеш диск из привода, грузишся с винта и выбираеш старую систему(должна сохранится). После загрузки почистиш винты от файлов установки и удалишь в boot.ini строчку ответственную за загрузку установки системы+изменяеш дефолтное значение.
Вроде все описал.